Berdiri pada tahun 2001, waktu itu masih Program Pendidikan Dokter. Untuk tepatnya adalah pada tanggal 1 Maret 2001 dan disyahkan pada tanggal 25 September 2001 dengan dasar : Surat Dirjen Dikti Depdiknas Nomor 3081/D/T/2001 pada tanggal 25 September 2001 tentang Ijin Penyelenggaraan Program Pendidikan Dokter Unsoed.
Dalam Perkembangannya akhirnya Program Pendidikan Dokter Unsoed ber-transformasi menjadi Jurusan Kedokteran yang tergabung dalam Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan Universitas Jenderal Soedirman.
Secara resmi Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan Universitas Jenderal Soedirman telah mulai berjalan dan berfungsi dengan terbitnya Surat Keputusan Rektor Universitas Jenderal Soedirman Nomor : Kept 122/H23/OT/2007 tanggal 19 April 2007 tentang Pembentukan Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan pada Universitas Jenderal Soedirman dan SK Rektor Nomor : Kept 123/H23/OT/2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja FKIK Universitas Jenderal Soedirman.
Secara resmi FKIK telah mulai berjalan dan berfungsi dengan terbitnya SK Rektor tersebut dan terbitnya SK Rektor Nomor : Kept 158/H23/KP/2007 tanggal 5 Mei 2007 tentang Pengangkatan Dekan FKIK Unsoed, diikuti dengan pengangkatan Pembantu Dekan (PD) I, II, III yang masing-masing berdasarkan Keputusan Rektor Nomor : Kept 185/H23/KP/2007, Kept 186/H23/KP/2007, Kept 187/H23/KP/2007 tanggal 2 Juni 2007.
Organisasi dan tata kerja yang lainnya yaitu Kepala Bagian Tata Usaha berdasarkan Surat Keputusan Rektor Unsoed Nomor : Kept. 209/H23/KP/2007 tanggal 16 Juni 2007, dan 4 Kepala Sub Bagian yang masing – masing berdasarkan Surat Keputusan Rektor Unsoed Nomor : Kept. 214/H23/KP/2007, 215/H23/KP/2007, 216/H23/KP/2007, dan 217/H23/KP/2007 tanggal 16 Juni 2007. Pengelola di semua Jurusan (Jurusan Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, Keperawatan dan Farmasi) berdasarkan Surat keputusan Surat Keputusan Rektor Unsoed Nomor : Kept.188/H23/KP/2007. Fakultas Kedokteran dan Ilmu-ilmu Kesehatan Universitas Jenderal Soedirman merupakan Fakultas yang mengintegrasikan semua cabang keilmuan kesehatan dalam satu Fakultas.